微波干燥滅菌機可用于干燥、蒸發和濃縮。比如化學溶液、乳劑、油漆、涂料、紙漿等的蒸發、濃縮；粉末類（如奶粉）、橡膠、保溫材料、隔熱材料、紡織品等等的干燥和含水率測定。微波干燥滅菌機比傳統的熱風干燥和真空干燥快上百倍，特別是對于上述無間隙、絕熱的材料微波的優勢更明顯，可以大幅度縮減干燥時間。微波是利用物質分子內部加熱的優勢，穿透性的作用于水分子，采用微波能向物料提供所需的溫升和汽化熱量，克服了真空干燥法和熱風干燥法對于上述物質傳導速度慢、溫度難以控制的缺點。